Анатолий Павлович Мякшев родился в 1959 г. в саратовской глубинке – селе Мироновка Питерского района, где и закончил школу. После окончания в 1981 г. исторического факультета Саратовского госуниверситета, был направлен по распределению в Петропавловский пединститут (Казахстан). В 1983-1986 гг. обучался в аспирантуре Московского государственного университета.
Под руководством действительного члена АН СССР Ю.С. Кукушкина защитил кандидатскую диссертацию по историографии «новой исторической общности – советского народа». В эти же годы начал сотрудничать с известным российским ученым А.И. Вдовиным, возглавившим в 1983 г. созданную в МГУ лабораторию по изучению национальных отношений.
В 1988 г. был избран деканом историко-филологическим факультетом Петропавловского пединститута (Казахстан), которым руководил вплоть до своего возвращения на родину в Саратов в 1994 г. В 1996–1998 гг. возглавлял исторический факультет Саратовского педагогического института, с 1999 г. работал в должности доцента на вновь созданной в СГУ имени Н.Г. Чернышевского кафедре историографии и региональной истории. В 2004 г. защитил докторскую диссертацию по истории межнациональных отношений в СССР в 1945–1991 гг. В 2007-2008 г. в должности проректора СГУ руководил подготовкой старейшего вуза губернии к 100-летнему юбилею. В ноябре 2009 г. А.П. Мякшевым был издан второй том «Истории Саратовского университета. 1945 – 1991 гг.».
В течение 30 лет А.П. Мякшев занимается изучением «национального вопроса» в СССР и современной России. В 2004 г. им была издана монография «Власть и национальный вопрос в СССР. 1945 – 1991 гг.», в 2015 г. – учебное пособие «Власть и национальный вопрос в новейшей истории. России. XX – начало XXI века». Написаны более 60 статей по «национальной тематике» в различных изданиях.
В круг научных интересов А.П. Мякшева входят и актуальные проблемы местной истории. Его перу принадлежат значительные разделы в монографиях «Саратовский Крытый рынок. Очерки истории» (Саратов, 2006), «Местное самоуправление Саратова: история и современность» (Саратов, 2005) и др.
А.П. Мякшев всегда занимал активную общественную позицию. Его кредо: «Историк не только должен изучать историю, он обязан творить историю». В декабре 2009 г. возглавил строительство университетского кооператива – 10-этажного жилого дома, фактически признанного к тому времени «самовольным строением на федеральной земле». В 2012 г. дом был достроен и сдан в эксплуатацию, а в 2014 г. «обманутые» дольщики получили возможность зарегистрировать право собственности на свои квартиры.
Женат. Жена, Ольга Викторовна, филолог, доктор, профессор СГУ. Воспитал сына, двух дочерей, воспитывает двух внучек и внука.
